اسارت پس از واقعه عاشورا، سکینه و بانوان دیگر حرم ابا عبدالله الحسین(ع) به اسارت دشمن در آمده و همراه با کاروان اسرا به کوفه و شام رفتند. او همراه و همگام با اسرای اهل بیت(ع) به افشای جنایات بنی امیه و بیان مظلومیت اهل بیت پیامبر(ص) پرداخت و این تلاش را از همان آغازین روزهای ایام اسارت آغاز کرد. نقل شده که در روز یازدهم محرم و به هنگام وداع اهل بیت(ع) با شهدا سکینه(س) پس از سخنان جانسوز عمه اش زینب(س) پیش رفت و جنازه پدر را در آغوش گرفت و به عزاداری پرداخت. سخنان او با پدر و گریه هایش بر شهید کربلا همچنان ادامه داشت تا اینکه گروهی از یاران عمر بن سعد پیش آمدند و او را به زور از پیکر پاک پدرش جدا کردند و کشان کشان نزد دیگر اسرا بردند. ایام اسارت بخصوص در شام روزهای سختی را برای سکینه و دیگر زنان اهل بیت(ع) رقم زد. سخت ترین و دردناکترین این ایام روز ورود کاروان اسرا به شام بود. در توصیف چگونگی ورود اسرای اهل بیت(ع) به شام از یکی از اصحاب پیامبر اکرم(ص) به نام سهل بن سعد ساعدی روایت شده که می گفت: روز ورود اسرا به شام مردی را دیدم که سری بر نیزه داشت که سیمایش بسیار شبیه سیمای رسول خدا(ص) بود و از پی آن دختری را دیدم که بر شتری برهنه و بی محمل سوار بود. خود را شتابان به او رساندم و گفتم: «دخترم شما کیستی؟» گفت: «سکینه دختر حسین(ع)» گفتم: «آیا از من کاری ساخته است؟ من سهل بن سعد هستم که جدت را دیده سخن او را شنیده ام» گفت: «ای سهل اگر برای تو ممکن است بگو تا این سرها را از اطراف ما کنار ببرند تا مردم به تماشای این سرها مشغول شده کمتر به حرم رسول خدا(ص) نگاه کنند.» سهل ساعدی می گوید: «من خود را به حامل آن سر شریف رساندم و گفتم: «آیا برای تو ممکن است که برای حاجتی که من به تو دارم چهل دینار زر سرخ (چهار صد دینار) بگیری و حاجت مرا بپذیری؟» گفت: «حاجتت چیست؟» گفتم:«این پولها را بگیر و این سر را جلوتر و دور از این زنان ببر.» آن مرد پذیرفت و پولها را گرفت و آن سر را از زنان اهل حرم دور کرد.» در چگونگی ورود اسرا بر یزید بن معاویه نیز از امام محمد باقر (ع) روایت شده که اسرای اهل بیت(ع) را با صورتهای باز و بدون پوشش در روز بر یزید وارد کردند. اهل شام با دیدن آنها به یکدیگر می گفتند ما هیچ اسیری را زیباتر از این اسرا ندیدیم اینان کیستند؟ در این هنگام [عمه ام] سکینه با صدای بلند فرمود: نحن سبایا آل محمد(ص)؛ ما اسیران آل محمدیم. به مدینه پس از پایان اسارت سکینه نیز به همراه کاروان اسرا به مدینه بازگشت. اما از چند و چون زندگانی او در مدینه تا وفات ایشان در منابع خبر موثق و مورد اطمینان چندانی در دست نیست. شاید بتوان گفتگوی سکینه با دختر عثمان را از معدود خبرهای مورد اعتماد در این دوره دانست. نقل شده که سکینه روزی با دختر عثمان در مجلسی حاضر بود، دختر عثمان برای فخرفروشی گفت: «أنا بنتُ الشهید، من دختر شهید هستم» سکینه جوابش را نداد تا زمانی که صدای اذان برخاست، همین که مؤذن گفت: «أشهدُ أنّ محمداً رسول الله(ص)» سکینه گفت: این پدر من است یا پدر تو؟ دختر عثمان شرمسار شد و گفت: دیگر به شما فخر نخواهم فروخت. گویا پس از بازگشت به مدینه سکینه نیز همگام با دیگر بانوان اهل بیت(ع) به افشای جنایت های بنی امیه می پرداخت و جنایتها و ددمنشی های آنان را در واقعه کربلا در اذهان مردم مدینه و غیر آن ماندگار می کرد. اشعار بسیاری که از او در رثای سید و سالار شهیدان به جای مانده است تأییدی بر صدق این سخن است. از این رو حکومت جور حضورشان را در مدینه برنتابید و به دستور یزید آنان به همراه عمه گرانقدرشان زینب(س) از مدینه اخراج و به مصر سفر کردند. بنا بر نقل برخی از منابع سکینه بنت الحسین(س) و خواهرش فاطمه و برخی دیگر از زنان بنی هاشم به همراه حضرت زینب(س) راهی مصر شدند. آنان چند روز مانده از رجب به آنجا رسیدند ومورد استقبال مسلمة بن مخلد –فرماندار مصر- و گروهی از بزرگان آن سرزمین قرار گرفتند. @n20011😭