متعاقب نامه فوق(نامه آقای منتظری) امام خمینی در جوابیه ای با استعفای آقای منتظری موافقت کردند . متن جوابیه امام به شرح زیر است : بسم اللّه‏ الرحمن الرحیم جناب حجت‏ الاسلام و المسلمین آقای منتظری ـ دامت افاضاته با سلام و آرزوی موفقیت برای شما، همان‏طور که نوشته‌‏اید رهبری نظام جمهوری اسلامی کار مشکل و مسئولیت سنگین و خطیری است که تحملی بیش از طاقت شما می‌‏خواهد. و به همین جهت، هم شما و هم من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودیم، و در این زمینه هر دو مثل هم فکر می‏‌کردیم. ولی خبرگان به این نتیجه رسیده بودند؛ و من هم نمی‏‌خواستم در محدودۀ قانونی آنها دخالت کنم. از اینکه عدم آمادگی خود را برای پست قائم مقامی رهبری اعلام کرده‏اید پس از قبول، صمیمانه از شما تشکر می‌‏نمایم. همه می‏‌دانند که شما حاصل عمر من بوده‌‏اید؛ و من به شما شدیداً علاقه‏‌مندم. برای اینکه اشتباهات گذشته تکرار نگردد، به شما نصیحت می‏‌کنم که بیت خود را از افراد ناصالح پاک نمایید؛ و از رفت و آمد مخالفین نظام، که به اسم علاقه به اسلام و جمهوری اسلامی خود را جا می‏‌زنند، جداً جلوگیری کنید. من این تذکر را در قضیۀ «مهدی هاشمی» هم به شما دادم. من صلاح شما و انقلاب را در این می‌‏بینم که شما فقیهی باشید که نظام و مردم از نظرات شما استفاده کنند. از پخش دروغ‌های رادیو بیگانه متأثر نباشید. مردم ما شما را خوب می‏‌شناسند، و حیله‏‌های دشمن را هم خوب درک کرده‏‌اند که با نسبتِ هر چیزی به مقامات ایران کینۀ خود را به اسلام نشان می‏‌دهند. طلاب عزیز، ائمۀ محترم جمعه و جماعات، روزنامه‏‌ها، و رادیو ـ تلویزیون، باید برای مردم این قضیۀ ساده را روشن کنند که در اسلام مصلحت نظام از مسائلی است که مقدم بر هر چیز است، و همه باید تابع آن باشیم. جنابعالی ان شاءاللّه‏ با درس و بحث خود حوزه و نظام را گرمی می‏بخشید. والسلام علیکم 1368/01/8 روح‏ اللّه‏ الموسوی الخمینی