امام خمینی همچنین در 26 فروردین 1368 در نامه ای خطاب به وزیران و نمایندگان مجلس شورای اسلامی علت تصمیم خود در برکناری آیت الله منتظری را تبیین کردند . متن نامه سوم امام به این شرح است : بسم اللّه‏ الرحمن الرحیم خدمت فرزندان عزیز، نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی، و وزرای محترم ـ دامت افاضاتهم با سلام، شنیدم در جریان امر حضرت آقای منتظری نیستید و نمی‏‌دانید قضیه از چه قرار است. همین قدر بدانید که پدر پیرتان بیش از دو سال است در اعلامیه‌‏ها و پیغام‌ها تمام تلاش خود را نموده است تا قضیه بدین جا ختم نگردد، ولی متأسفانه موفق نشد. از طرف دیگر وظیفۀ شرعی اقتضا می‏کرد تا تصمیم لازم را برای حفظ نظام و اسلام بگیرد. لذا با دلی پرخون حاصل عمرم را برای مصلحت نظام و اسلام کنار گذاشتم. ان‏شاءاللّه‏ خواهران و برادران در آینده تا اندازه‏ای روشن خواهند شد. سفارش این موضوع لازم نیست که دفاع از اسلام و نظام شوخی بردار نیست؛ و در صورت تخطی، هر کس در هر موقعیت بلافاصله به مردم معرفی خواهد شد. توفیق همگان را از خداوند متعال خواستارم. والسلام علیکم و رحمة اللّه‏ و برکاته. 26/1/68 روح‏ اللّه‏ الموسوی الخمینی