مقام و مدفن سر حضرت یحیی ع در مسجد جامع اموی در دمشق در قدیم معمولا بین سر و بدن فاصله بوده . چرا که برای مجازات یک شخص ، سر او قطع می‌کردند و برای حاکم می‌فرستادند و بعد هم معمولا در همان محل حکومت حاکم دفن می‌شده و پیکر در جای دیگه. مسجد جامع اموی که به دستور ولیدبن عبدالملک ساخته شد و یکی از زیباترین مساجد جهان است ،کلیسا و زیارتگاه حضرت یحیی ع بوده و بعد تبدیل به مسجد شد .