چهار حادثه که بر حرم مطهر گذشت 1⃣ در اثر یورش عبدالمومن خان ازبک در سال ۹۷۷ طلا کوبی‌ها و زیورآلات گنبد و گلدسته‌های حرم به تاراج رفت که توسط شاه عباس صفوی در بین سال‌های ۱۰۱۰–۱۰۱۶ قمری ترمیم شدند. 2⃣ در سال ۱۰۸۴ قمری زلزله شدیدی در مشهد رخ داد که سطح خارجی گنبد ترک برداشت و تعدادی از خشت‌های زراندود ریخت که شاه سلیمان صفوی گنبد را تعمیر و تجدید طلا کرد که جریان این طلاکاری توسط محمد رضا امامی خوشنویس در چهار ترنج دور گنبد نوشته شده‌است. 3⃣ در سال ۱۳۳۰ قمری روس‌ها گنبد را به توپ بستند و نقاطی را در بدنه گنبد به اندازه کله قند سوراخ کردند که هنوز جای تعمیرها از درون گنبد قابل مشاهده است و در سال ۱۳۳۱ قمری نیرالدوله والی خراسان دستور تعمیر آن را داد. 4⃣ در عاشورای ۱۳۷۳ خورشیدی در یک حمله تروریستی در اثر انفجار بمب در حرم ۲۶ نفر کشته و ۳۰۰ نفر زخمی شدند. خرابی‌های حاصله بر بنا کم بود و فقط بخشی از کاشی‌کاری‌ها و آینه‌کاری‌های قدیمی آسیب دیدند[۹] که بعداً تعمیر شدند و پس از آن تاکنون در قسمت ورودی‌های مجموعه خادم‌هایی برای بازرسی بدنی و وسایل زائرین، خدمت می‌کنند.[