استادان و شاگردان شیخ بهایی از جمله اساتید علمی وی، پدرش شیخ حسین، ملا عبداللّٰه یزدی، ملا علی مذهب، ملا افضل قاضی و حکیم عمادالدین محمود و ملا محمد باقر یزدی و نیز علماء مصر و شامات بود. ملا صدرای شیرازی، فاضل جواد، سید هاشم بحرانی، ملا محسن فیض، ملا رفیع طباطبائی و ملا خلیل غازی و علامه محمد نقی مجلسی و ملا صالح مازندرانی، شیخ زین الدین عاملی، ملا حسن علی شوشتری، نظام الدین ساوجی، سید حسین کرکی و... از شاگردان او محسوب می‌شوند. گویند شیخ در درس، حکایات اخلاقی را بیان می‌کرد. https://eitaa.com/zandahlm1357