شهید پیراینده در سال 65 در عملیات کربلای 5 به اسارت نیروهای بعثی در آمد. ابتدا به اردوگاه 11 منتقل شد. درهمان بدو ورود به علت این که عکس صدام در جهت قبله نصب شده بود (به طوری که در هنگام نماز به ناچار آن عکس دیده میشد) عکس صدام را پاره کرد. به خاطر این کار، نیروهای بعثی چندین بار به شدت او را شکنجه دادند. روزی یکی از بعثیها قصد اذیت و آزار یک نوجوان بسیجی را داشت. حسین با شجاعت او را از چنگال آنها نجات داد و به همین علت به شدت شکنجه شد. در حین شکنجه بعثیها او را وادار به اهانت علیه امام خمینی(ره) کردند اما او علیرغم شکنجه فراوان امتناع کرد. در این هنگام یک بعثی به شکل زنندهای شروع به فحاشی کرد. حسین که طاقت این وضع را نداشت، خود را از چنگ بعثیها رها ساخته و خود را به او رساند و با ضربه مشتی باعث شکستن فک و در نهایت بیهوشی آن بعثی شد.
پس از این اقدام او را به اردوگاه 18 یعقوبه که مخصوص فعالان سیاسی بود منتقل کردند. اردوگاهی که آزاده مرحوم حجت الاسلام والمسلمین ابوترابی نیز در آن جا حضور داشت. شرایط در این اردوگاه بسیار سخت بود. فضا برای هر اسیر تنها به اندازه 4 موزائیک بود و شهید پیراینده در آنجا دو سال تمام نشسته خوابید. این شرایط در نهایت منجر به از کار افتادن کلیههای شهید پیراینده شد. افسر عراقی که توسط حسین مجروح شده بود به علت کینهای که از حسین داشت پس از بهبودی با تلاش و رایزنی با استخبارات خود را به اردوگاه 18 یعقوبه رسانده و در آنجا دو سال تمام حسین را به شدت شکنجه کرد