اختلاف فتاوی علامه بارها فقهاء عظام درباره علامه و شهید اول می فرمایند: ایشان در این کتاب از نظرش برگشته است. علامه گاهی یک مطلبی را در قواعد، منتهی، نهایة، ارشاد، تذکره چند جور می گوید. فقهاء یا برداشت تهافت دارند یا می گویند از رأیش بگشته و نظرش عوض شده! شهید ثانی درباره شهید اول هم این نکته را زیاد دارد اما شاید محمل دیگری بتوان برای این تغییر نظر یافت. فخر المحققین(۷۷۰ه) فرزند علامه(۷۲۴ه) دو شرح بر قواعد علامه نوشته است: جامع الفوائد في شرح خطبه القواعد ایضاح الفوائد شرح مشکلات قواعد (شرح تمام عبارات نیست) کتاب شرح خطبه را با ایضاح یکجا چاپ کرده اند در صفحه ۹ یک توضیحی پیرامون اختلافات نظرات علامه ارائه کرده که بسیار جای تامل و دقت دارد. قبل از بیان متن دونکته از متن باید برجسته شود: اول: عبارت إشتغلت علی والدي، این نشان می دهد که با مبنای پدر کاملا آشناست و این نظریه اصطیاد از خود علامه است! دوم : فقد يظن كثير من الجهال المقلدين تناقض الاحكام نظریه متناقض بودن فتاوی را به مقلدین جاهل نسبت می دهد: أقول: إني لما اشتغلت على والدي قدس اللّه سره في المعقول و المنقول و قرأت عليه كثيرا من كتب أصحابنا فالتمست منه ان يعمل لي كتابا في الفقه جامعا لقواعده حاويا لفرائده مشتملا على غوامضه و دقائقه جامعا لاسراره و حقائقه يبنى (يبتني- خ ل) مسائله على علم (علمي- خ ل) الأصولين و على علم البرهان و ان يشير عند كل قاعدة الى ما يلزمها من الحكم و ان كان قد ذكر من قبل ذلك ما فيه (ما ينافي- خ ل) معتقده و فتواه و ما يلزم من نص على قاعدة أخرى و فحواها ليتنبّه المجتهد على أصول الاحكام و قواعد فتاوى الحلال و الحرام فقد يظن كثير من الجهال المقلدين تناقض الاحكام فيه و لم يعلموا ان المراد ما ذكرناه فيظنون ان عليه سؤالا واردا و لم يعلموا انهم لم يفهموا من كلامه حرفا واحدا كما قيل (ويل للشعر الجيّد من رواة السوء). إيضاح الفوائد في شرح مشكلات القواعد/الحلي، فخر المحققين ج1ص9 ترجمه برخی عبارات متن: علم الاصولین: کلام و اصول فقه برهان: منطق فحوا: مفهوم مخالف مفاد این عبارت این است: اگر علامه اختلاف فتاوی دارد، چون از زوایای مختلف مسئله را دیده است، گاهی حسب قواعد است گاهی نص است، گاهی مفهوم موافقت و مفهوم مخالفت، لوازم اجتهاد است پس این کتب فتوائی نیست، کتب علمی روی مبانی است مثلا در قواعد طبق قاعده فتوا داده، (فقه علی القاعده) در مختلف الشیعة طبق روایات و فتاوای شیعه فتوا داده است، در تذکره طبق فقه خلاف (فقه مقارَن) فتوا داده است. این نشان می دهد که علامه فوق العاده توانمند است که می تواند یک دوره فقه را روی قواعد بیاورد از اول طهارت تا دیات، باز یک دوره فقه را روی روایات بیاورد، باز یک دوره فقه را روی فقه اسلامی بیاورد، از اول طهارت تا آخر دیات را بتواند از پنج زاویه فقه بیاورد. فخر المحققين در واقع می خواهد بگوید: اگر فتاوا عوض شد چون زاویه عوض شده است، یک جا فقه قاعده ای است، یک جا فقه روایی است، یک جا فقه فتاوای اصحاب است، یک جا فقه اسلامی است، فقه خلاف است. @aletra