هدایت شده از سلول‌های‌بنیادی‌وسرطان
🏴 ان الحسین مصباح الهدی و سفینه النجاه
همانا حسین علیه‌السلام، چراغ هدایت و کشتی نجات است.
عاشورای حسینی، سال‌روز شهادت ناجوانمردانه فرزند رسول خدا صل الله علیه و آله و یاران باوفای او و جسارت و به اسارت گرفتن اهل‌بیت پیامبر عظیم الشان اسلام بر یکایک #آزادگان جهان تسلیت باد.
اللهم الرزقنا شفاعت الحسین...🏴
◼️ @pluricancer
هدایت شده از سلول‌های‌بنیادی‌وسرطان
✅ پاسخ مجله Nature در سال ۱۹۳۷ به مقاله چرخه کربس (TCA cycle) که به شکل محترمانه‌ای آن را reject کرد.
آقای کربس، سپس مقاله‌اش را در مجله Enzymologia به چاپ رساند که بعدها برای او #جایزه_نوبل را به ارمغان آورد.
این مطالعه، یکی از بزرگترین خطاها و missهای مجله Nature محسوب می‌شود!
@pluricancer
✍ مجله Nature هنوز هم با ذکر دلایلی نظیر محدودیت فضا برای چاپ مقالات متعدد و سیاست‌های خاص خود، بسیاری از مقالات عالی را رد می‌کند که بعضاً موردانتقاد دانشمندان برجسته از جمله Randy Schekman که ایشان هم اخیراً جایزه نوبل گرفتند، قرار گرفته‌است.
🆔 @pluricancer
🔴 کاربرد ژنوسنسورهای فوتوالکتروشیمیایی در تعیین بیومارکرهای اسیدنوکلئیکی در سرطان
@RNA_Biology
✅ بیوپسی یا نمونه‌برداری مایع، شامل آزمایش یا آزمایش‌هایی است که روی نمونه خون یا سایر مایعات بدن، برای نظارت بر شاخص‌های زیستی (biomarkers) در گردش، از جمله اسیدهای نوکلئیک انجام می‌شود.
✅ در سرطان، بیوپسی مایع نه تنها برای تشخیص سریع بلکه برای انتخاب نوع درمان و نظارت بر بیمار سرطانی در طول درمان نیز مفید است. با این وجود، سنجش های تحلیلی باید بسیار حساس باشند (یعنی قادر به تشخیص مقدار بسیار کمی از آنالیت های در حال گردش باشند) و همچنین انتخاب پذیر عمل کنند.
✅ فوتوالکتروشیمی، یک تکنیک قدرتمند برای تشخیص زیستی (biosensing) تحلیلی است، زیرا مزایای استفاده از روشهای نوری و الکتروشیمیایی به واسطه تحریک نور و تشخیص الکتروشیمیایی را به طور همزمان دارد. انواعی از ژنوسنسورهای فوتوالکتروشیمیایی وجود دارند که دارای پتانسیل بالایی در تشخیص و تعیین مقدار اسیدهای نوکلئیک در حال گردش هستند.
✅ در حال حاضر، نمونه‌برداری بافتی استاندارد طلایی برای شناسایی و به دست آوردن اطلاعات در مورد سرطان‌ها است. با این حال، بسیاری از تومورها، اگر چه از نظر بافت شناسی مشابه بنظر می‌رسند، اما در سطح مولکولی بسیار ناهمگن هستند. بنابراین در عصر پزشکی شخصی، ابداع روشهای غیرتهاجمی، دقیق و سریع برای شناسایی بیومارکرهای زیستی به جهت تشخیص، پیش آگهی و ارزیابی درمانی ضروری است. برای این منظور، بیوپسی مایع، که به نمونه برداری و آنالیز انواع مختلف مواد توموری در مایعات بدن متکی است، امکان گرفتن نمونه های مکرر را فراهم می‌کند و در نتیجه اجازه می‌دهد تا در طول بیماری یا در طول درمان، تغییرات در بیومارکرها ردیابی شوند.
✅ هنگام تمرکز بر بیومارکرهای مبتنی بر اسیدهای نوکلئیک، تومورها تغییرات مختلف مولکولی از جمله تغییر در توالی DNA و رونویسی mRNA یا در بیان miRNA را نشان می دهند.
✅ برای اندازه‌گیری بیومارکرهای در حال گردش، تکنیک های متعددی استفاده می‌شوند که می‌توان به طور کلی به تکنیک‌های مبتنی بر PCR، ریزآرایه و یا تکنیک های بر پایه توالی ژنومی (genomic sequencing_based) اشاره کرد. با این حال، در پزشکی شخصی، استراتژی‌های نوآورانه‌ای که پاسخگوی نیازهای سریع باشند و به آسانی بتوان از آنها استفاده کرد، بسیار مورد نیاز هستند. در این رابطه، ژنوسنسورهای الکتروشیمیایی، به عنوان ابزار تحلیلی مناسب و بسیار امیدوار کننده به حساب می آیند.
✅ ژنوسنسورها برای تشخیص دو عنصر اصلی دارند.
۱- عنصر تشخیصی زیستی که اتصال اختصاصی را از طریق تعامل بیوشیمیایی یک هدف به گیرنده فراهم می‌کند.
۲- و یک مبدل سیگنال که این میانکنش بیوشیمیایی را به یک سیگنال الکتریکی قابل اندازه‌گیری تبدیل می‌کند.
✅ در ۱۵ سال اخیر به طور خاص بر روی روش هایی کار شده است که به واسطه آنها بتوان هر چه دقیقتر، راحت‌تر و ارزان‌تر، قطعه‌ای از اسیدهای نوکلئیک را شناسایی کرد. استفاده از تراشه‌های ژنی یکی از این موارد است، ولی این ابزار اگر چه کوچک است اما برای خواندن نتایج آن به دستگاه‌های گران‌قیمت احتیاج است و همچنین تفسیر نتایج آن پیچیده بوده و نیاز به یک ریاضیات قوی دارد. لذا به این دلایل کاربرد آن تا اندازه‌ای در تشخیص های کلینیکی و ردیابی عامل بیماری در نمونه، محدود شده است.
✅ بیوسنسورهای الکتروشیمیایی که بر اساس واکنشهای الکتروشیمیایی به تشخیص و آشکارسازی آنالیت می پردازند، ابزارهایی هستند که می‌توان برای تشخیص نقص های ژنتیکی (موتاسیون) و همچنین ردیابی بیومارکرها در محل به کار برد.
واکنش های انجام شده در این سنسورها در سطح نانو بوده و از نانوذرات اکسید تیتانیوم (Tio2) و ZnO و نانوذرات کربنی به علت هدایت الکتریکی بالا، پایداری شیمیایی و قدرت مکانیکی فوق‌العاده استفاده می شود.
🔺اطلاعات بیشتر را در لینک زیر ملاحظه کنید👇
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2451910318300978
تهیه مطلب: سعید محبی، پژوهشگر پژوهشگاه رویان🌹
🆔 @RNA_Biology
هدایت شده از سلول‌های‌بنیادی‌وسرطان
🔴 امروز جایزه نوبل «فیزیولوژی یا پزشکی» بطور مشترک به پروفسورها ویلیام کالین (آمریکا)، گِرِگ سِمِنزا (آمریکا) و پیتر راتکِلیفه (انگلستان) بخاطر کشفیات آنها درباره چگونگی #احساس_اکسیژن توسط سلول‌ها و نحوه #سازگاری_سلول‌ها با تغییرات اکسیژن اهدا شد.
@pluricancer
✍ شریف مرادی
🔺 اکسیژن، مولکولی حیاتی است و تنفس هوازی به آن وابسته است. #سلول‌های_بنیادی_پرتوان و سلول‌های #سرطانی که سرعت تکثیر بالایی دارند، فشار پایین اکسیژن را ترجیح می‌دهند تا مسیر انرژی‌زایی سلولی به سمت چرخه کربس حرکت نکند و در عوض، مسیر گلیکولیز تقویت شود که نیازمند اکسیژن نیست. سلول‌های پرتوان و سرطانی، عمدتاً مسیر گلیکولیز را ترجیح می‌دهند، اگرچه چرخه کربس میزان انرژی (ATP) بیشتری نسبت به گلیکولیز تولید می‌کند، چرا که این سلول‌ها بخاطر سرعت تکثیر بالا، باید به سرعت به انرژی دسترسی داشته باشند و گلیکولیز بخاطر آنکه در زمان بسیار کوتاهتری انرژی تولید می‌کند، مسیر ترجیحی تولید انرژی در سلول‌های سرطانی و پرتوان است. البته در هنگام تمایز سلول‌های بنیادی پرتوان، بتدریج چرخه کربس و تنفس هوازی افزایش می‌یابد که نیازمند #اکسیژن است.
🆔 @pluricancer
🔴 مطالعه‌ای که به تازگی منتشر شده است، نشان می‌دهد که افزایش بیان miR-601 با کاهش بقای کلی بیماران مبتلا به سرطان معده همراه است، بنابراین از این MicroRNA به طور بالقوه می‌توان برای پیش‌بینی پاسخ بیمار مبتلا به سرطان معده به درمان استفاده کرد.
https://diagnosticpathology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13000-019-0882-5
🆔 @RNA_Biology
هدایت شده از سلول‌های‌بنیادی‌وسرطان
✅ مقاله World View کوتاه دکتر مرادی در نشریه Nature Human Behaviour درباره مضرات الزام چاپ مقاله برای دانشجویان دکترا به عنوان پیش‌شرط دفاع از پایان‌نامه دکترا.
✍ از طریق لینک زیر می‌توانید نسخه باکیفیت مقاله را آنلاین مشاهده بفرمایید.
https://rdcu.be/bTWWi
Please forward this and spread the word...
🆔 @pluricancer
🔴 پلتفرم سنجش الکتروشیمیایی «بدون برچسب» برای شناسایی miR-21 با استفاده از نانوذرات تیونین و طلا به همراه نانوسیم MoS2
@RNA_Biology
✅ امروزه سرطان یکی از علل عمده مرگ و میر در جوامع انسانی به شمار می رود. مهم ترین چالش در موفقیت آمیز بودن درمان این بیماری، تشخیص زودهنگام، در مراحل اولیه ی پیداش آن است. در حال حاضر روش های تشخیصی، هزینه بالا و زمان طولانی برای دریافت جواب آزمایش تشخیصی نیاز دارند و همچنین وجود نیروی کار ماهر و متخصص جهت خواندن و تفسیر نتایج ضروری است. از این رو، ارائه و پیشرفت آزمون های غیرتهاجمی برای تشخیص زودهنگام این بیماری، هنوز به صورت چالشی جدی فراروی پژوهشگران قرار دارد. بیوسنسورها، امکان تشخیص شاخص‌های پروتئیی و اسید نوکلئیکی را قبل از آن که وجود سرطان با تصویربرداری و یا روش های دیگر مشخص شود، امکانپذیر می‌سازند.
✅ حسگرهای الکتروشیمیایی به واسطه داشتن مزایایی از جمله سادگی، کم هزینه بودن، گزینش پذیری زیاد، و حساسیت بالا، به ابزار شناسایی قدرتمندی در تشخیص بیماری ها، بررسی و نظارت های پزشکی تبدیل شده اند.
✅ با توجه به اهمیت تشخیص زودهنگام سرطان برای انجام سریع اقدامات درمانی، اندازه گیری miRNAها به عنوان شناساگر زیستی سرطان و آشکارسازی مقادیر بسیار کم آن ها ارزشمند است.
✅ محققان به تازگی بیوسنسور الکتروشیمیایی «بدون برچسب» جدیدی را با استفاده از نانوسیم MoS2 به همراه نانوذرات تیونین و طلا (MoS2-Thi-AuNPs) برای اندازه گیری miR-21 طراحی کرده اند. در این مطالعه نکته جالب آن است که تیونین (Thi) به عنوان یک عامل احیاکننده برای سنتز موفقیت آمیز نانوهیبرید MoS2-Thi-AuNPs و به عنوان یک مولکول سیگنال دهنده برای پایش هیبریداسیون DNA-RNA (به جهت شناسایی بدون برچسب miR-21) مورد استفاده قرار گرفته است.
✅ پس از هیبریداسیون با miR-21، تشکیل مارپیچ DNA-RNA بر روی الکترود، تا حد زیادی مانع از انتقال الکترونی می‌شود که در نتیجه به کاهش سیگنال الکتروشیمیایی Thi می‌انجامد.
✅ طی این مطالعه، پس از بهینه سازی شرایط آزمایش، مشاهده شد که تغییر سیگنال جریانهای پیک ایجاد شده Thi رابطه خطی با لگاریتم غلظت miR-21 در محدوده 1pM تا 10nM دارد و حد تشخیص LOD) 0.26 pM) بدست آمد. این بیوسنسور توانست miR-21 را در نمونه های بیولوژیکی مانند سرم انسانی با نتایج رضایت بخش تشخیص دهد.
✅ در مجموع بیوسنسورها با شناسایی شاخص‌های زیستی سرطانی، تشخیص زودهنگام و نظارت بر روند بیماری را فراهم می کنند. درنتیجه، هدف نهایی بیوسنسورها درمان بیماری ها با هزینه کمتر و کارآیی بیشتر است.
🔺لینک دسترسی به مقاله:
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acsami.7b11385
تهیه مطلب: سعید محبی، پژوهشگر پژوهشگاه رویان🌹
🆔 @RNA_Biology
هدایت شده از سلول‌های‌بنیادی‌وسرطان
✅ مقاله پروفسور راتکلیفه از دانشگاه آکسفورد انگلستان که به تازگی به همراه دو دانشمند دیگر، جایزه نوبل «فیزیولوژی یا پزشکی» را بخاطر کشف چگونگی درک اکسیژن توسط سلول‌ها و سازگاری آنها با اکسیژن برنده شدند، در سال ۱۹۹۲ توسط نشریه Nature رد شده بود!
🔺 جالب این که عمده مقالاتی که به جایزه نوبل امسال در پزشکی و فیزیولوژی منجر شدند، در مجلات Journal of Biological Chemistry و Molecular and Cellular Biology چاپ شده‌اند که به مراتب ضریب تأثیر کمتری از مجله Nature دارند.
✍ ضریب تأثیر مجلات، همه چیز نیست...
🆔 @pluricancer
🔴 پاسخ به سوال شما👆
این موضوع که سی تی کنترل داخلی بالاتر از سی تی ژنهای موردنظر باشد (چه ژنهای رمزگردان پروتئین و چه غیررمزگردان) چیز عجیبی نیست و می تواند اتفاق بیفتد، چرا که لزوما ژنهای خانه دار نباید فراوان ترین بیان را در سلول داشته باشند، بلکه همین که تغییر بیان زیادی تحت شرایط مختلف نشان ندهند، عمدتا کافی است. منتها مقداری عجیب است که چرا سی تی U6 شما باید این قدر دیر بالا بیاید. لطفا اطمینان حاصل کنید که منحنی ذوب پرایمرهای تان درست باشد (یک پیک واحد و مشخص داشته باشد). با توجه به شباهت زیاد برخی میکروآرناها به هم، پرایمر شما ممکن است بیش از یک نوع میکروآرنا را تشخیص دهد که قاعدتا باید این موضوع رادر منحنی ذوب ببینید. اما هنوز یک نگرانی وجود دارد و آن این که ممکن است منحنی ذوب آن میکروآرناهای بسیار مشابه، بسیار نزدیک باشد که در عین این که شما یک پبک منحنی ذوب می بینید، باز هم نمی توانید صدردصد مطمین شوید که واقعا دارید فقط یک میکرآرنا را detect می کنید. لطفا چک کنید که آیا میکروآرنای شما، هم خانواده بسیار مشابهی دارد؟
🆔 @RNA_Biology
🔴 گزارش جدید و مهم: معرفی یک رویکرد ویرایش ژنوم جدید بنام prime editing که #دقت و #کنترل بالاتری را نسبت به سیستم مرسوم CRISPR-Cas9 برای ایجاد تغییر در DNA فراهم می‌آورد!
@pluricancer
@RNA_Biology
✍ دکتر شریف مرادی
این رویکرد که به تازگی در مجله Nature منتشر شده است، بجای ایجاد برش در هر دو رشته DNA و متکی بودن به سیستم ترمیمی خود سلول که خطاپذیر و مستعد ایجاد تغییرات ناخواسته است، فقط یکی از رشته‌های DNA را برش می‌زند و همچنین از یک آنزیم Cas9 تغییریافته استفاده می‌کند تا به کمک یک آنزیم رونوشت‌بردار معکوس (reverse transcriptase) و الگوبرداری از یک مولکول RNA همراه، تغییرات دقیق تک‌نوکلیوتیدی، چندین نوکلئوتیدی و قطعه‌ای را در توالی DNA هدف ایجاد کند.
این استراتژی به طور بالقوه می‌تواند جایگزین توانمندی برای سیستم کریسپر مشهور باشد، اگرچه نه به طور کامل، چرا که برخلاف کریسپر، قادر به درج و حذف قطعات بسیار بزرگ DNA نیست، پس می‌توان آن را ابزار مکمل و توانمندی که دقیقتر از کریسپر است، در نظر گرفت. این رویکرد با توجه به اینکه در حد تک نوکلئوتید هم می‌تواند در توالی هدف تغییر ایجاد کند، با رویکرد base editing قبلی هم قابل رقابت است.
البته باید منتظر ماند و دید که آیا سایر آزمایشگاه‌های تحقیقاتی در سراسر دنیا قادر به تکرار همین یافته‌ها و دقت ادعایی هستند و نیز اینکه پتانسیل درمانی این رویکرد برای درمان بالقوه آن همه بیماری ژنتیکی و در بسترهای مختلف فیزیولوژیک چقدر خواهد بود.
لینک برای مطالعه بیشتر👇
خبر:
https://www.nature.com/articles/d41586-019-03164-5
مقاله اصلی:
Anzalone, A. V. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-019-1711-4 (2019).
🆔 @pluricancer
🆔 @RNA_Biology
هدایت شده از سلول‌های‌بنیادی‌وسرطان
🔴 مقاله‌زدگی!
✍ شریف مرادی، عضو هیئت علمی پژوهشگاه رویان
@pluricancer
پیرو اعلام جوایز نوبل در رشته‌های مختلف در یکی دو هفته گذشته، چند روز پیش جستجوی مختصری در رابطه با مقالات برندگان جوایز نوبل و مقالات محققان پرمقاله داخلی انجام دادم.
🔺 مقالاتی که محققان برنده جایزه نوبل منتشر کرده بودند، بسیار پراستنادتر از مقالات محققان پرمقاله داخلی بود (همان طور که انتظار می‌رود)، اما بعضاً دیده می‌شود که شاخص H برخی محققان پرمقاله ما (به تعبیر بنده) نزدیک به شاخص H محققان نوبلی است، اما وقتی دقت می‌کنید، متوجه می‌شوید که فقط معدودی از مقالات محققان پرمقاله داخلی به ثبت اختراع منجر شده‌اند. نکته دیگر آن که، شاخص H و تعداد استنادات محققان پرمقاله داخلی، مربوط به صدها و بعضاً بیش از هزار مقاله می‌شود (که حاکی از کیفیت به نسبت پایین عمده مقالات این محققان است)، در حالی که برندگان جایزه نوبل و حتی دانشمندان برجسته بین‌المللی که جایزه نوبل برنده نشده‌اند، با تعداد مقالات بسیار کمتری توانسته‌اند استنادات زیاد و فراوانتر از محققان پرمقاله داخلی به دست بیاورند.
🔺خبر بدتر آن است که تعداد باز هم کمتری از این ثبت اختراع ها به محصول واقعی ختم شده‌است و البته متاسفانه در بسیاری از موارد، محققان پرمقاله داخلی نتوانسته‌اند فراتر از ثبت چند اختراع بروند و هیچ گونه محصولی ندارند!
🔺این یعنی اینکه پولی که از خزانه دولت (که پول نفت و غیره و در نتیجه بیت المال مردم است) برای پروژه‌های این محققان پرمقاله مصرف شده‌است، به چیزی فراتر از مقاله و بعضاً چند ثبت‌اختراع نرسیده‌است. اینجانب مخالف انتشار یافته‌های پژوهشی در قالب مقاله و غیره نیستم، چه این که این کار خدمت به دانش و دانشمندان و نهایتاً خدمت به مردم و بشریت است، اما آیا هدف ما این بوده که افق دید تحقیقات ما، عمدتاً و تقریباً فقط مقاله باشد؟ چه کسی مسیول این افتضاح است؟ چرا از صدها و هزاران مقاله محققان ما، فقط چند محصول مفید و دارو و کیت و سرویس به دست می‌آید؟
🔺 پاسخ‌های بسیاری به این سوال می‌توان داد، اما معتقدم «کرم از درخت است»! سیاست‌های غلط وزارتین علوم و بهداشت در تشویق افراطی به چاپ مقاله و اعتنای کمتر به محصول گرایی و خروجی‌های بدردبخور و نیز مسابقه H index که سامانه علم سنجی!!! وزارت بهداشت راه انداخته است، راهی پیش روی ما باز کرده که مقصدش ترکستان است. دنیا در حال کشفیات متحول کننده است و ما هنوز در کف ضریب تأثیر مجلات هستیم. کسی نمی‌تواند و حق ندارد که پیشرفت‌های چشمگیری را که توسط محققان داخلی حاصل شده است، نادیده بگیرد یا انکار کند که قطعاً جفا و ظلم به ایشان و دست‌اندرکاران حوزه پژوهش است، اما خروجی‌ها و خدماتی که تاکنون ارایه داده‌ایم، احتمالاً به مرز ۲۰٪ از آنچه که باید به آن دست می‌یافتم، نرسیده است و این عقب‌ماندگی و عدم پیشتازی و «شاگرد ماندن» و دنباله‌روی زننده از علم غرب و شرق، بخاطر «مرض مقاله‌زدگی» و آزاد نبودن فکر و اندیشه ما در اثر جو ناشی از مسابقه مقاله‌دهی در داخل کشور است.
🔺 ان شاالله روزی برسد که نه فقط برخی از پژوهش‌های ما بلکه عمده یا همه آنها با اولویت واقعی رفع مشکلات مردم و بشریت، ارایه راهکارهای علمی برای رفع معضلات بهداشتی و درمانی و فرآهم آوری سبک زندگی سالم برای آحاد جامعه باشد.
🆔 @pluricancer